La Junta de Gobierno es la máxima autoridad del IJM, es un órgano colegiado y se conforma de acuerdo a lo establecido en la Ley del Instituto Jalisciense de las Mujeres de la siguiente manera:
- La Presidenta
- La Secretaría Ejecutiva
Los vocales propietarios, quienes tienen derecho a voz y voto y se mencionan a continuación:
- Secretaría General de Gobierno;
- Secretaría de Educación;
- Secretaría de Salud;
- Secretaría de Desarrollo Económico;
- Secretaría de Desarrollo Rural;
- Secretaría de Cultura;
- Secretaría del Medio Ambiente y Desarrollo Territorial;
- Secretaría de Planeación, Administración y Finanzas;
- Fiscalía General del Estado:
- Secretaría de Desarrollo e Integración Social;
- Secretaría del Trabajo y Previsión Social;
- Instituto Jalisciense de Asistencia Social; y
- DIF Jalisco
También participan los invitados permanentes, se mencionan a continuación:
- Supremo Tribunal de Justicia del Estado;
- Comisión de Equidad y Género del Congreso del Estado;
- Comisión Estatal de Derechos Humanos;
- Representante del Consejo Ciudadano;
- Procuraduría Social; y
- Coordinación General de Proyectos Estratégicos.